Normalmente il sistema immunitario deve:

    Riconoscere tutti gli organismi estranei (batteri, virus, parassiti, funghi, vermi).
    Distruggere in modo efficiente e rapido gli invasori.
    Prevenire una seconda infezione con lo stesso micro-organismo (avere una buona memoria).
    Non provocare danni alla persona stessa (capacità di discriminare il self dal non-self).

Disfunzioni del sistema immunitario:

    Immunodeficienza: risposta difettosa o inefficace.
    Ipersensibilità: iper-reazione al materiale estraneo innocuo, fuori proporzione al danno potenziale (allergia).
    Autoimmunità: reazione inappropriata verso di sé, perdita dell'auto-riconoscimento (self).
    Infiammazione: attacco iper-vigorosa contro gli invasori con eventuali danni al tessuto normale.

La disregolazione del sistema immunitario nelle persone con autismo può portare a uno qualsiasi di questi quattro problemi.

A volte il bambino autistico ha una storia familiare positiva verso l'autoimmunità (es. artrite reumatoide, tiroidite). In bambini con ASD sono stati ritrovati diversi tipi di autoanticorpi, anche se il significato di ciò non è ancora chiaro. Diversi studi hanno trovato che alcuni bambini autistici hanno immunoglobuline basse (IgG, IgM, IgA), e / o bassi numeri di cellule T, profili di citochine alterati e / o a basso funzionamento, livelli di cellule NK bassi; un sottogruppo di bambini presenta una vera e propria immunodeficienza. Alcuni bambini hanno bassi livelli sierici di IgA, il che li predispone ad infezioni respiratorie e gastrointestinali.

Gli anticorpi sono suddivisi in classi:

    IgA: superfici mucose - se il livello di questi anticorpi è basso, il bambino può essere predisposto a infezioni respiratorie e gastrointestinali, nonché ad autoimmunità.
    IgM: rapida risposta anticorpale nel flusso sanguigno effettuata all'inizio di un'infezione; può essere alto o basso in ASD
    IgG: livelli di anticorpi nel sangue più lenti ma più duraturi; può essere alto o basso in ASD
    IgE: allergia; può essere alta o normale in ASD.

Conclusione # 1: un bambino nello spettro autistico con infezioni ricorrenti merita una valutazione del sistema immunitario per immunodeficienza.

Conclusione # 2: Un bambino nello spettro autistico con eczema, sintomi nasali croniche, asma,  sintomi gastrointestinali significativi o infezioni respiratorie ricorrenti merita una valutazione per i livelli di IgE e allergie alimentari.

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